Высшим органом коллегиального управления АНА является общее собрание АНА.
Общее собрание АНА: – по представлению президента АНА принимает Устав АНА, а также изменения, которые вносятся в Устав; – утверждает положения о выборах членов президиума АНА, президента АНА, вице-президента АНА, академика-секретаря АНА, заместителя президента АНА, академиков-секретарей отделений АНА, действительных членов (академиков) АНА, членов-корреспондентов АНА и директоров научных учреждений, входящих в состав АНА, а также изменения, вносимые в них; – избирает президента АНА и представляет избранного президента АНА Президенту Республики Абхазия для утверждения в должности; – избирает вице-президента АНА, академика-секретаря АНА, членов президиума АНА; – избирает членов АНА и председателя комиссии по Уставу АНА и уставам входящих в состав АНА организаций; – избирает академиков-секретарей отделений АНА сроком на пять лет; – утверждает избранных президиумом АНА директоров научных учреждений АНА; – утверждает основные направления научных исследований АНА; – утверждает отчетный доклад президиума АНА о научных достижениях АНА и научно-организационной работе президиума АНА в истекшем году; – заслушивает и обсуждает отчеты научных учреждений АНА, а также доклады отдельных ученых; – утверждает положения об аспирантуре и докторантуре; – определяет направления и приоритеты плана бюджетного финансирования АНА на следующий финансовый год; – обсуждает научные и научно-организационные проблемы.