Высшим органом коллегиального управления АНА является общее собрание АНА.
Общее собрание АНА:
– по представлению президента АНА принимает Устав АНА, а также изменения, которые вносятся в Устав;
– утверждает положения о выборах членов президиума АНА, президента АНА, вице-президента АНА, академика-секретаря АНА, заместителя президента АНА, академиков-секретарей отделений АНА, действительных членов (академиков) АНА, членов-корреспондентов АНА и директоров научных учреждений, входящих в состав АНА, а также изменения, вносимые в них;
– избирает президента АНА и представляет избранного президента АНА Президенту Республики Абхазия для утверждения в должности;
– избирает вице-президента АНА, академика-секретаря АНА, членов президиума АНА;
– избирает членов АНА и председателя комиссии по Уставу АНА и уставам входящих в состав АНА организаций;
– избирает академиков-секретарей отделений АНА сроком на пять лет;
– утверждает избранных президиумом АНА директоров научных учреждений АНА;
– утверждает основные направления научных исследований АНА;
– утверждает отчетный доклад президиума АНА о научных достижениях АНА и научно-организационной работе президиума АНА в истекшем году;
– заслушивает и обсуждает отчеты научных учреждений АНА, а также доклады отдельных ученых;
– утверждает положения об аспирантуре и докторантуре;
– определяет направления и приоритеты плана бюджетного финансирования АНА на следующий финансовый год;
– обсуждает научные и научно-организационные проблемы.