Президент АНА избирается путем тайного голосования общим собранием АНА за месяц до истечения срока полномочий действующего президента АНА, по представлению президиума АНА, из числа действительных членов (академиков) АНА, сроком на пять лет и утверждается Президентом Республики Абхазия, по представлению общего собрания АНА.
Порядок выборов президента АНА регламентируется настоящим Уставом и положением о выборах президента АНА, принятым президиумом АНА и утвержденным общим собранием АНА.
На должность президента АНА могут быть рекомендованы граждане Республики Абхазия, действительные члены (академики) АНА, если иное ограничение не предусмотрено законодательством Республики Абхазия. Выдвижение и рассмотрение кандидатов на должность президента АНА должны начаться не позднее, чем за два месяца до истечения срока полномочий действующего президента АНА. Право выдвижения и рассмотрения на президиуме АНА кандидатур на должность президента АНА имеют как члены президиума АНА, так и действительные члены (академики) АНА, не входящие в состав президиума АНА. Президиум АНА правомочен при участии двух третьих списочного состава. Президиум АНА обсуждает все кандидатуры и высказывает свое мнение относительно числа кандидатов в президенты АНА для включения в список для тайного голосования. Голосование должно быть альтернативным. После голосования президиум АНА назначает дату выборов президента АНА на общем собрании АНА. Президиум АНА правомочен проводить голосование при наличии двух третьих списочного состава президиума АНА. Кандидатура, выдвинутая и поддержанная большинством голосов присутствующих членов президиума АНА, представляется общему собранию АНА для избрания, при согласии кандидата, не позднее, чем за месяц до окончания полномочий действующего президента АНА. Кандидатура, представленная президиумом АНА, избирается на общем собрании АНА тайным голосованием при наличии не менее двух третьих от общего числа членов АНА.
Избранным президентом АНА считается кандидат, получивший большинство голосов от числа голосующих членов АНА. В случае не избрания (либо равенства голосов «за» и «против») президента АНА назначаются новые выборы кандидата в президенты АНА в президиуме АНА, которые должны пройти в течение одного месяца. Кандидат, не прошедший на выборах на общем собрании АНА, не может участвовать в повторных выборах в президиуме АНА.
Избранный общим собранием АНА президент АНА вступает в должность после его утверждения Президентом Республики Абхазия. До утверждения в должности Президентом Республики Абхазия избранный общим собранием АНА президент АНА исполняет обязанности президента АНА (далее – избранный общим собранием президент АНА).
В случае, если Президент Республики Абхазия принимает решение не утверждать в должности президента АНА, избранного общим собранием АНА, вновь избранный президиум АНА назначает из числа членов президиума АНА исполняющего обязанности президента АНА. Новые выборы президента АНА должны состояться не позднее, чем через шесть месяцев с даты принятия Президентом Республики Абхазия указанного решения. В случае досрочной отставки действующего президента АНА, обязанности президента АНА возлагаются на вице-президента АНА до выборов президента АНА на внеочередном общем собрании АНА.